南阳医专的前身是创办于1951年的南阳卫校。2004年经国家教育部批准升格为南阳医学高等专科学校。2006年南阳市政府决定将南阳中医药学校、南阳市一职专委托南阳医专代管，形成了中西医结合、优势互补的办学格局。目前，学校占地1316.2亩。校舍建筑面积56万平方米，教学科研仪器设备总值1.05亿元。
科研中心2800平方米，设备先进，功能齐全，价值1000多万元，内含国家二级科研实验室1个，市级重点实验室4个，细胞生物免疫研发基地1个，为河南省博士后研发基地。各类标准实验室420个，艾滋病解剖标本填补国内外空白，中药标本馆、人体生命科学馆全国一流，仲景文化特藏馆独具特色,《国医论坛》为国家级期刊，创办的“中国解剖网”被中国解剖学会确定为专用网站。
学校还建有国家级实训基地2个，省级特色专业5个，省级精品课程3门，省级示范性实训基地建设项目7个，省级教学团队3个，先后承担、完成了省级教育教改项目18项;发明专利100多项。2008年在教育部人才培养水平评估中被评为优秀等次; 2013年又顺利通过第二轮人才培养工作评估， 22项评估指标全部获优。